研究院团队核心成员经过长期研究积累，确立了以我国西南与东南亚、南亚的国际河流为研究主体，重点开展跨境资源环境领域的基础研究和应用基础研究的总体思路，并形成了以国际河流与高原山地环境研究为主体的水文过程与跨境影响、水域生态功能与河流健康、地缘合作与跨境生态安全、陆疆环境监测评价与生态修复等四个特色研究方向。