通过深入开展国际河流资源合理利用与协调管理、环境变化与跨境影响、生态安全与调控的研究，通过培养人才、拓展重点研究领域，稳固和壮大研究创新团队，增强我省在国际河流和跨境生态安全等特色研究领域的创新能力，逐步完善我国国际河流研究的相关理论、方法和技术等知识体系，产出一批标志性学术成果，提升团队在国际同类研究领域中的学术地位和在国家层面上的核心竞争力，为云南国际河流区的社会经济发展、国家水电能源基地建设、生物多样性保育和生态安全维护等提供科技服务，为我国与东南亚与南亚的国际区域合作和环境外交等提供决策支持。
主要研究开发方向：
1、国际河流资源合理利用与协调管理
2、国际河流环境变化与跨境影响
3、国际河流跨境生态安全调控与调控
发展目标
1、通过培养人才、拓展重点研究领域，稳固和壮大研究创新团队，成为我国国际河流与跨境生态安全研究的重要创新团队，增强我省在国际河流和跨境生态安全等特色研究领域的创新能力，提升在国家层面承担重大/重点科技项目的核心竞争能力，巩固在国际同类研究前沿所占有的一席之地；
2、产出一批标志性学术成果，逐步完善我国国际河流研究的相关理论、方法和技术等知识体系；
3、建设国际河流人才培养、学科建设平台，成为国家在跨境资源环境研究领域重要的人才培养基地；
4、为云南国际河流区的社会经济发展、国家水电能源基地建设、生物多样性保育和生态安全维护等提供科技服务，为我国与东南亚与南亚的国际区域合作和环境外交等提供决策支持。